أنشأت منظمة العواصم والمدن الإسلامية للدول الأعضاء في منظمة التعاون الإسلامي، بمقتضى القرار رقم (9/9 – س) الصادر عن المؤتمر التاسع لوزراء خارجية الدول الإسلامية المنعقد في العاصمة داكار بجمهورية السنغال بتاريخ 17/05/1398هـ الموافق 24/04/1978م
كما وافق المؤتمر العام العاشر لوزراء خارجية الدول الإإسلامية، والمنعقد في مدينة فاس بالمملكة المغربية، بموجب قراره رقم (25/10- س) وتاريخ 10/6/1399هـ الموافق 8/3/1979م على مشروع النظام الأساسي للمنظمة.
تأسست المنظمة عام 1400هـ الموافق 1980م بمسمى "منظمة العواصم الإسلامية" بمقتضى القرار الصادر عن المؤتمر العام الأول للمنظمة الذي عقد بمكة المكرمة بتاريخ ربيع الأول 1400هـ الموافق يناير 1980م، حيث تمت المصادقة على النظام الأساسي وانتخاب المجلس الإداري
والأمين العام للمنظمة، وتم تعديل اسم المنظمة إلى اسمها الحالى "منظمة العواصم والمدن الإسلامية" بموجب القرار رقم (5/2) الصادر عن المؤتمر العام الثانى للمنظمة المنعقد فى اسلام آباد فى جمادى الثانى 1402 هـ الموافق إبريل 1982م.